条件つきホント

「医療費控除とセルフメディケーション税制のどちらで使ってもいい」は本当？

掲載日：2026年10月29日
分野：医療費控除

確定申告の季節になると、「薬局の領収書は、医療費控除とセルフメディケーション税制のどちらで使ってもいい」という説明を見かけます。この説明は、おおむね当たっています。2つのうち、どちらか一方を選んで使えるからです。ただし、条件が3つあります。同じ年に使えるのは片方だけです。申告した後は、選び直せません。セルフメディケーション税制を使えるのは、対象の薬を買い、本人が健康診断などを受けている場合だけです。

そもそも、この2つは別々の控除ではありません。セルフメディケーション税制は、医療費控除の計算式を一部だけ差し替える特例です。条文には「その者の選択により」と書かれていて、2つを同時に使うことは認められていません。片方を選ぶと、もう片方は使えません。ここを取り違えると、控除の額が変わります。

税金の言葉、先に5つだけ

この記事に出てくる言葉を、先にやさしく説明します。

  • 医療費控除＝1年間に払った医療費が一定額を超えたときに、所得から引ける制度
  • セルフメディケーション税制＝市販薬の購入費を、医療費控除の計算式で引ける特例
  • 特定一般用医薬品等購入費＝この特例の対象になる市販薬（スイッチOTC医薬品など）の購入費
  • スイッチOTC医薬品＝医師の処方薬から、薬局で買える薬に切り替わった医薬品
  • 一定の取組＝健康診査、予防接種、がん検診など、この特例の前提になる健康づくり

結論

  1. セルフメディケーション税制は、医療費控除の計算式の一部を差し替える特例です。条文に「その者の選択により」とあります（租税特別措置法41条の17第1項）。［2］
  2. 国税庁は「選択適用」と説明しています。いずれか一方を選んで適用します（No.1131）。［3］
  3. セルフメディケーション税制を選ぶと、対象外の医療費が10万円を超えていても、通常の医療費控除は併せて受けられません。［3］
  4. 一度選んで申告すると、更正の請求や修正申告でも、もう一方へ変更できません。［3］
  5. セルフメディケーション税制の控除額は、12,000円を超える部分で、88,000円までです。健康診断などの取組を本人が行っていることが条件です。令和9年1月1日施行の改正で、スイッチOTC医薬品は期限がなくなり、それ以外の対象の薬は令和13年12月31日までの支払いになります。［4］［5］［7］［10］

判定は「条件つきホント」です。どちらか一方を選んで使うことはできます。ただし、同じ年に両方を使うことはできず、申告した後に選び直すこともできません。申告の前に、両方の金額を計算して比べてください。

2つの制度は、1つの条文から来ています

まず、制度の仕組みを確かめます。通常の医療費控除は、所得税法73条にあります。

居住者が、各年において、自己又は自己と生計を一にする配偶者その他の親族に係る医療費を支払つた場合において、その年中に支払つた当該医療費の金額（保険金、損害賠償金その他これらに類するものにより補てんされる部分の金額を除く。）の合計額がその居住者のその年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額の百分の五に相当する金額（当該金額が十万円を超える場合には、十万円）を超えるときは、その超える部分の金額（当該金額が二百万円を超える場合には、二百万円）を、その居住者のその年分の総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額から控除する。 ［1］

（所得税法第73条第1項）［1］

読み方はこうです。1年間に払った医療費の合計から、10万円（総所得金額等が200万円未満の人は、その5パーセント）を引きます。残った額を所得から引けます。控除の上限は200万円です。

次に、セルフメディケーション税制の条文を見ます。租税特別措置法41条の17です。いま施行されている条文（令和8年12月31日までの支払いを対象とする版）は、こうなっています。

居住者が平成二十九年一月一日から令和八年十二月三十一日までの間に自己又は自己と生計を一にする配偶者その他の親族に係る特定一般用医薬品等購入費を支払つた場合において当該居住者がその年中に健康の保持増進及び疾病の予防への取組として政令で定める取組を行つているときにおけるその年分の所得税法第七十三条第三項に規定する医療費控除については、その者の選択により、 ［2］

（租税特別措置法第41条の17第1項。抜粋）［2］

この条文は、新しい控除を作るものではありません。医療費控除（所得税法73条）の読み替えを定めています。対象になる薬代を、医療費と同じ計算式に当てはめる仕組みです。

同じ条文の後半で、数字を差し替えています。10万円の下限が12,000円に、200万円の上限が88,000円になります。

2つは、同じ計算式を使います。違うのは、入れる金額と下限・上限だけです。そのため、同じ年に両方を使うことはできません。

「選択適用」と、条文にも国税庁にも書いてあります

条文の「その者の選択により」について、国税庁はタックスアンサーNo.1131で次のように説明しています。

セルフメディケーション税制は医療費控除の特例であり、通常の医療費控除との選択適用となりますので、いずれか一方を選択して適用することになります。 ［3］

（国税庁「No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用」）［3］

同じページに、見落としやすい一文があります。薬代以外の医療費が大きい場合の扱いです。

また、セルフメディケーション税制の適用を受ける場合には、この特例の対象となる特定一般用医薬品等購入費以外の医療費の額が通常の医療費控除の適用下限額（10万円と総所得金額等の5パーセント相当額のいずれか低い方の金額）を超える場合であっても、通常の医療費控除を併せて受けることはできません。 ［3］

（国税庁「No.1131」）［3］

たとえば、薬代が3万円で、病院の窓口で20万円を払った年を考えます。薬代以外の医療費は20万円で、10万円を超えています。それでも、セルフメディケーション税制を選んだら、通常の医療費控除は受けられません。両方の数字を足して申告することはできません。

ここで、よくある誤解が生まれます。「対象外の医療費は、別枠で控除できるはずだ」。条文と国税庁の説明は、それを否定しています。その年分の医療費控除は、どちらか一方しか選べません。

一度選ぶと、変えられません

申告した後は、選び直すことができません。国税庁は、こう書いています。

（注）セルフメディケーション税制の適用を受けることを選択して確定申告書を提出した場合には、その後において納税者が更正の請求や修正申告書により、セルフメディケーション税制から通常の医療費控除へ適用を変更することはできません。同様に通常の医療費控除を受けることを選択した場合も変更できません。 ［3］

（国税庁「No.1131」）［3］

更正の請求は、税金を納めすぎていたときなどに、正しい額へ直してもらう手続です。修正申告は、納める税額を増やす方向で直す手続です。どちらの手続でも、選んだ制度は変えられません。申告書を出す前に、金額を比べて決めるしかありません。

どちらが得かは、薬代の額で決まります

比べ方は、2つの式を並べるだけです。どちらも、対象になる金額から下限を引きます。表は、総所得金額等が200万円以上の人（下限が10万円）の例です。200万円未満の人は、下限が総所得金額等の5パーセントになります。

1年間の支払い通常の医療費控除セルフメディケーション税制
通院5万円＋対象の薬3万円0円（8万円は10万円に届かない）18,000円（3万円－12,000円）
通院20万円＋対象の薬2万円120,000円（22万円－10万円）8,000円（2万円－12,000円）
通院3万円＋対象の薬10万円30,000円（通院3万円＋薬10万円－10万円）88,000円（薬10万円－12,000円。上限と同じ額）

1行目は、医療費の合計が10万円に届かない年です。通常の医療費控除は0円になります。セルフメディケーション税制なら18,000円を引けます。この場合は、特例のほうが得です。

2行目は、通院の医療費が大きい年です。通常の医療費控除は120,000円、特例は8,000円です。差が大きいので、通常の医療費控除を選びます。

3行目は、薬代が多い年です。特例の控除額は88,000円で止まります。薬代が10万円を超えても、それ以上は増えません。条文の上限が88,000円だからです。

表の通常の医療費控除には、対象の薬代も含めています。この薬代が治療や療養に必要な医薬品の購入の対価であれば、通常の医療費控除の医療費にも当たるためです。 ［9］

セルフメディケーション税制の式は、国税庁がこう説明しています。

健康の保持増進および疾病の予防への取組として一定の健康診断や予防接種などを行っている方が、自己または自己と生計を一にする配偶者やその他の親族の特定一般用医薬品等購入費を支払った場合には、通常の医療費控除との選択により、その年中の特定一般用医薬品等購入費の合計額（保険金等により補填される部分の金額を除きます。）のうち、12,000円を超える部分の金額（88,000円を限度）を控除額とする ［4］

（国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」）［4］

ここでも「通常の医療費控除との選択により」と書かれています。計算式の説明の中でも、どちらかを選んで使うことが前提になっています。

使える人と、使える薬

セルフメディケーション税制には、通常の医療費控除にはない条件が2つあります。健康づくりの取組と、薬の種類です。

取組は、健康診査、市区町村のがん検診、予防接種、勤務先の定期健康診断、特定健康診査・特定保健指導などです。この取組は、申告する本人が行っている必要があります。

なお、申告される方が「一定の取組」を行っている必要があります（申告される方と生計を一にする配偶者その他の親族の方が「一定の取組」を行っている必要はありません。）。 ［5］

（国税庁「No.1129」）［5］

家族の薬代は合算できますが、家族が受けた健康診断では条件を満たしません。

取組にかかった費用は、この特例の控除の対象になりません。人間ドックの自己負担分も同じです。

「一定の取組」に要した費用は控除の対象となりません。 ［9］

（国税庁「セルフメディケーション税制とは」）［9］

薬は、医師の処方薬から薬局で買える薬に切り替わったスイッチOTC医薬品などです。対象かどうかは、レシートに表示があります。厚生労働省の対象品目一覧でも確かめられます。

対象の範囲は、令和8年1月1日以後に買ったものについて見直されました。

次の医薬品のうち、医療用薬剤との代替性が特に高いもの（令和8年1月1日以降に購入したものについては、その使用による医療保険療養給付費の適正化の効果が低いと認められる医薬品を除く。）として厚生労働大臣が財務大臣と協議して定めるもの ［6］

（国税庁「No.1132」。抜粋）［6］

つまり、効果が低いと認められた医薬品は、令和8年1月1日以後の購入分から対象外になっています。前の年に対象だった薬が、今年は外れていることがあります。買った年の品目一覧で確かめてください。

対象の薬代は、通常の医療費控除の対象にもなる場合があります。

セルフメディケーション税制の対象となる医薬品の購入費用であるもののうち、それが治療や療養に必要な医薬品の購入の対価であるものについては、通常の医療費控除を受けることを選択した場合の控除の対象となる医療費にも該当します。 ［9］

（国税庁「セルフメディケーション税制とは」）［9］

同じ領収書が、どちらの制度でも対象になり得ます。ただし、同じ年に使えるのは片方だけです。上の国税庁の一文は、「どちらで使ってもいい」という意味ではありません。同じ薬代を、両方の計算に入れることはできません。

令和9年1月1日から、期限が変わり、対象も広がります

セルフメディケーション税制には、適用の期間があります。いま施行されている条文は、支払いの期間をこう区切っています。

居住者が平成二十九年一月一日から令和八年十二月三十一日までの間に自己又は自己と生計を一にする配偶者その他の親族に係る特定一般用医薬品等購入費を支払つた場合 ［2］

（租税特別措置法第41条の17第1項。抜粋）［2］

いまの条文では、令和8年12月31日までの支払いが対象です。令和8年分の申告（令和9年2月から3月）は、この条文で使えます。国税庁のNo.1132も、購入の期間を「令和4年1月1日から令和8年12月31日まで」としています。 ［6］

ただし、期限が切れるわけではありません。所得税法等の一部を改正する法律（令和8年法律第12号）が令和9年1月1日に施行され、41条の17第1項は、期間を薬の区分ごとに区切る形に変わります。改正後の条文は、こうなります。

一　次項第一号に掲げる医薬品（医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律第二条第一項に規定する医薬品をいう。次項において同じ。）である一般用医薬品等（薬局製造販売医薬品を除く。）に係る特定一般用医薬品等購入費　平成二十九年一月一日以後の期間

二　前号に掲げる特定一般用医薬品等購入費以外の特定一般用医薬品等購入費　平成二十九年一月一日から令和十三年十二月三十一日までの期間 ［10］

（租税特別措置法第41条の17第1項（令和9年1月1日施行時点）。抜粋）［10］

読み方は、こうです。

  • スイッチOTC医薬品（薬局製造販売医薬品を除く）は、期限がなくなります。平成29年1月1日以後の支払いが、そのまま対象です。
  • それ以外の対象の薬は、令和13年12月31日までの支払いが対象です。令和14年分からは、このグループは対象から外れます。
  • 対象の薬に、OTCの検査薬（体外診断用医薬品）が加わります。令和8年厚生労働省告示第307号が、令和9年1月1日から適用されます。 ［11］ 検査薬は「それ以外」のグループに入るので、こちらも令和13年12月31日までです。
  • 12,000円と88,000円という金額と、「その者の選択により」という決まり方は、改正後も変わりません。

ここは、読み違えやすいところです。国税庁のタックスアンサーは、令和8年4月1日現在の法令に基づいています（No.1133の冒頭にその旨の記載があります）。そのため、No.1132を読むと「令和8年12月31日まで」で終わっているように見えます。改正後の内容は、e-Govの未施行版か、厚生労働省が公開している「改正後【令和9年1月1日施行】」のPDFで確かめてください。

税制は毎年の改正で動きます。申告の前に、その年分に適用される条文を確かめてください。この記事の数字も、確認日より後に変わる可能性があります。

間違えやすい4点

1つ目は、同じレシートを両方の合計に足してしまうことです。医療費控除の明細書と、セルフメディケーション税制の明細書は、別の書類です。両方を作って出すと、同じ支出を2回引いた申告になります。

2つ目は、健康診断の費用を対象に入れてしまうことです。取組そのものの費用は、控除の対象外です。取組は、薬代を引くための前提条件です。

3つ目は、家族の取組を本人の取組と数えてしまうことです。薬代は家族分を合算できますが、取組は本人が行う必要があります。

4つ目は、年末調整で戻ると考えてしまうことです。医療費控除も、この特例も、確定申告で受ける控除です。国税庁は、申告の方法をこう書いています。

医療費控除に関する事項その他の必要事項を記載等した確定申告書を提出してください。 ［4］

（国税庁「No.1120」）［4］

医療費控除もセルフメディケーション税制も、会社の年末調整では受けられません。

こうすればいい

  1. 1年分の医療費を集め、対象の薬代を別に数える（レシートの表示で見分ける）
  2. 通常の医療費控除の額を計算する（医療費の合計－10万円。総所得金額等が200万円未満の人は、総所得金額等の5パーセント）
  3. セルフメディケーション税制の額を計算する（対象の薬代－12,000円。上限88,000円）
  4. 2と3を比べ、大きいほうを選ぶ
  5. 選んだほうの明細書を1枚だけ、確定申告書に添付する
  6. レシートと取組の結果通知表は、確定申告期限から5年間、手元に置いておく

明細書は、選んだ制度のものだけを出します。

令和3年分以後のセルフメディケーション税制の適用に関する事項を記載した確定申告書を令和4年1月1日以後に提出する場合は、特定一般用医薬品等購入費の額や一定の取組に関する事項など定められた事項の記載のある明細書を確定申告書に添付してください。 ［8］

（国税庁「No.1134」）［8］

取組を証明する書類は、申告書への添付が不要になりました。ただし、確定申告期限から5年を経過する日までの間は、税務署から提示や提出を求められる場合があります。

上記の一定の取組を行ったことを明らかにする書類は、令和3年分以後のセルフメディケーション税制の適用に関する事項を記載した確定申告書を令和4年1月1日以後に提出する場合に、確定申告書への添付または提示は不要ですが、確定申告期限等から5年を経過する日までの間、税務署から提示または提出を求める場合があります。 ［8］

（国税庁「No.1134」）［8］

まとめ

「薬局の領収書は、医療費控除とセルフメディケーション税制のどちらで使ってもいい」は、条件つきホントです。2つのうち、使えるのは片方だけです。セルフメディケーション税制は、医療費控除の計算式を差し替える特例だからです（租税特別措置法41条の17第1項「その者の選択により」・国税庁No.1131）。一方を選ぶと、対象外の医療費が10万円を超えていても、もう一方は受けられません。申告した後に、選び直すこともできません。

どちらを使うかは、金額で決まります。医療費の合計が10万円に届かず、対象の薬代が12,000円を超える年なら、特例のほうが有利です。通院の医療費が大きい年なら、通常の医療費控除のほうが有利です。両方の式を計算してから、申告書を作ってください。

いまの条文で対象になるのは、令和8年12月31日までの支払いです。令和9年1月1日からは、改正後の条文が適用されます。スイッチOTC医薬品（薬局製造販売医薬品を除く）は期限がなくなり、それ以外の対象の薬は令和13年12月31日までの支払いが対象になります。OTCの検査薬も対象に加わります。申告の前に、その年分に適用される条文で確かめてください。

出典

※ 本文は令和8年10月28日現在の法令・公式情報に基づきます。出典は、法令（e-Gov）・国税庁の公式資料を基本としています。公開後に訂正が生じた場合は、訂正記録をこの記事の末尾に掲載します（訂正ポリシー）。

本記事は掲載日時点の法令・公式情報に基づく一般的な解説です。個別の事案については、お近くの税務署または税理士にご相談ください。